L’idée d’une liaison ferroviaire entre nos deux régions ne date pas d’hier, puisqu’elle découle d’une première convention franco-suisse signée en 1881 avec pour objectif la réalisation d’une liaison ferroviaire entre Annemasse et Genève.
Le 7 mai 1912, une convention attribuant le financement de la deuxième partie de la liaison CEVA à la Confédération ainsi qu’aux CFF, à raison d’un tiers chacun, le dernier tiers revenant à l’Etat de Genève, est confirmée.
De 1912 à 1938, les premières études sont réalisées, mais les périodes économiquement difficiles successives reportent à nouveau la concrétisation du raccordement inter-rives.
Entre 1939 et 1949, le projet est réactivé et le tronçon Cornavin–La Praille réalisé, dans le cadre de l’aménagement du quartier de La Praille.
Ce n’est qu’en 1980, à la suite d’une demande de la Confédération de reprendre le projet « Après l’an 2000 » avec une priorité au raccordement ferroviaire de l’aéroport international de Genève qui voit le jour en 1987 que le projet prend tout son sens.